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Ao visitar sua amiga, Run, para dizer que ela conseguiu entrar no ensino médio, Tooru a encontra em uma posição comprometedora com um de seus colegas de classe, Yūko, de quem Tooru imediatamente não gosta. A escola logo começa, com Tooru mostrando hostilidade a qualquer um que se aproxime muito de Run, e Yūko e sua outra amiga, Nagi, certificando-se de que Run não se machuque com sua indiferença. Depois da escola, Tooru admite que se sente solitária por estar em uma classe separada de Run, mas Run garante que nada mudou entre eles.

Run se mete em apuros quando se esquece de vestir a calcinha pela manhã. Yūko entra em pânico quando Run desmaia, embora acabe sendo apenas um pouco de privação de sono. Depois de enfrentar uma forte chuva, as meninas passam a noite na casa de Nagi para se secarem. Enquanto Run e Nagi tomam banho, Tooru força Yūko a assistir a um filme de terror antes de continuar a provocá-la durante a hora do banho. Pouco depois, as meninas saem com alguns guarda-chuvas emprestados, mas logo voltam depois que Yūko se suja novamente.

Em sua aula do primeiro ano, uma colega chamada Yutaka torna-se excessivamente amigável com Tooru, o que a incomoda um pouco. Enquanto isso, um novo professor de saúde, Sr. Satō, sente-se atraído por Run devido à sua testa, o que naturalmente incomoda Tooru. Mais tarde, é revelado que Satō também está fisicamente fraco. À medida que Yutaka se torna cada vez mais apegada a Tooru, sua amiga Miho tenta mantê-la sob controle, embora isso faça com que Tooru se sinta solitário.

Enquanto os alunos limpam a escola, Miho conhece Tooru, para desgosto de Yutaka, enquanto as outras meninas se divertem limpando a piscina. Mais tarde, Nagi fica preocupada por estar ganhando peso e faz dieta, mas depois se convence de que não deveria se forçar a fazer isso.

Depois de perceber os primeiros anos rondando a piscina, Run sugere uma ida à praia nas férias de verão. Yūko e Nagi vão comprar maiôs, enquanto Run dá a Tooru seu maiô da escola primária, devido à pequena estatura de Tooru. Logo chegam à praia, onde se divertem brincando no mar e na areia.

Run acaba dando a Tooru um corte de cabelo indesejável, mas consegue transformá-lo em algo que ela aprecia. Tooru tem dificuldade em lidar com seus professores erráticos, enquanto Yuko confunde a maneira de Yutaka tirar o pó do lenço como um pedido de ajuda. Quando Yuko esquece um formulário que precisa preencher na escola, a turma decide entrar furtivamente na escola à noite para recuperá-lo e também explorar. Enquanto Nagi e Yuko vão ao banheiro, eles avistam um brilho estranho do lado de fora, que mais tarde descobrem ser o Sr. Satō, que então desmaia, forçando os outros a carregá-lo para a enfermaria. No final das contas, Yuko ainda se esquece de pegar seu formulário.

As meninas vão a um bar de karaokê, onde Tooru fica nervoso por cantar na frente de Run, mas Run a ajuda cantando um dueto com ela. Mais tarde, as meninas vão a um festival de matsuri, onde ficam tão absortas em uma das barracas que quase perdem os fogos de artifício.

À medida que as férias de verão terminam e as aulas recomeçam, a professora de Tooru, a Sra. Kito, está excepcionalmente enérgica. Enquanto isso, Yutaka continua a assediar Tooru, com Miho explicando por que eles se tornaram tão fãs dela. Mais tarde, Tooru e Run acabam discutindo, o que leva seus respectivos amigos a ficarem preocupados com eles no dia seguinte. Quando Run percebe que Tooru comprou uma bebida anonimamente para ela, ela a encontra no telhado, onde eles se reconciliam.