Godzilla começa a derreter, e com seu derretimento, as chances da humanidade ser extinta é muito alta e os humanos tem que encontrar um jeito de impedir a destruição da Terra ao mesmo tempo que devem lidar com o Destoroyah que é um ser vindo dos microorganismos da arma que matou o Godzilla Original que tem como objetivo derrotar o rei dos monstros.
