Phi Brain: Kami no Puzzle

Kaito Daimon, um estudante médio do ensino médio, é um gênio em resolver quebra-cabeças. Aparentemente, Kaito foi fazer um roteiro de quebra-cabeça de mesa em sua escola para alguns "testes" que foram encaminhados em seu dispositivo. Logo depois, ele foi procurar o presidente do Puzzle Club para perguntar sobre esse quebra-cabeça que Kaito achou suspeito. Ao resolver quebra-cabeças (no dispositivo) dados por esta pessoa desconhecida chamada "Minotauro", ele completou todos os seus quebra-cabeças e, de repente, um convite foi enviado a Kaito do dispositivo, pedindo-lhe para desafiar o 'Quebra-cabeça do Sábio' nas ruínas anteriormente na cena do episódio, e para cumprir o Contrato de Orfeu, porém se ele não conseguir resolver este quebra-cabeça, ele morrerá. Ao entrar no caminho para as ruínas junto com Nonoha, Minotauro disse que será ele quem o observará fazer esse quebra-cabeça, e que o quebra-cabeça do Sábio é uma barreira com um tesouro selado, ao que Kaito rapidamente rejeitou aceitar este presente. A primeira tentativa que ele teve que fazer foi resolver um quebra-cabeça deslizante que foi rapidamente resolvido por Kaito. O segundo teste foi um ponto de partida – para terminar o quebra-cabeça, esse quebra-cabeça que preocupava Kaito. Kaito decidiu ir para um beco sem saída específico que confundiu Nonoha, ela então decidiu correr enquanto tocava as paredes para tirá-los, porém, ela encontrou uma armadilha que quase a acabou. Kaito e Nonoha chegaram ao seu destino (o beco sem saída), e Nonoha percebeu que há uma diferença entre o alinhamento dos pilares em comparação com o resto que ela tinha visto. Kaito percebe algo que não está certo, e se lembra do quebra-cabeça que fez no primeiro teste e pergunta a Nonoha se ela tinha visto um pilar com o logotipo de um machado. O pilar foi encontrado na frente deles e Kaito derrubou o pilar. Uma parede foi rompida e eles conseguiram chegar à saída. Era aqui que ficava o prêmio, o Minotauro pediu para Kaito ir sozinho, e ele viu uma Mandala. Ele tocou a imagem e de repente uma corrente dourada acorrentou seu braço. Minotauro então disse a Kaito para usar este anel de ouro para levar seus poderes ao máximo que seu cérebro pudesse suportar. Lentamente, a água começou a fluir, atingindo os pilares de sustentação das ruínas, Minotauro disse que Kaito deveria escolher uma das três cordas para escapar. Nonoha gritou de medo e de repente, Kaito olhou para cima em estado de choque, e seus olhos mudaram para vermelho carmesim. Ele então resolveu o quebra-cabeça do Sábio.

Em seu poderoso estado conhecido como 'Phi-Brain', Kaito consegue resolver o quebra-cabeça, permitindo que ambos escapem das ruínas. Mais tarde, Kaito fica irritado com um solucionador de quebra-cabeças chamado Gammon Sakanoue, que carrega o título de 'Galilleo'. Quando Kaito recebe um pedido para resolver outro quebra-cabeça, Gammon tenta reivindicá-lo para si e acaba se juntando a Kaito e Nonoha. O quebra-cabeça em questão é um quebra-cabeça deslizante em tamanho real no qual o jogador deve tirar seu carro do quebra-cabeça dentro de um prazo antes que ele seja esmagado por um caminhão que cai. Enquanto Gammon quase completa o quebra-cabeça, o responsável pelo quebra-cabeça corta a capacidade de mover o carro em que estão, supostamente deixando-os sem solução. No entanto, Kaito mais uma vez entra em seu estado Phi-Brain e consegue usar os outros veículos do quebra-cabeça para tirar o carro do caminho antes que sejam esmagados.

Kaito conhece um garoto gênio solucionador chamado Cubic Galois, que carrega o título de 'Edison' e prefere matemática a outros quebra-cabeças. Ele coloca uma pulseira estranha no braço de Kaito, que faz sua cabeça doer sempre que ele pensa em quebra-cabeças. Neste momento, Kaito, Nonoha e Gammon são chamados para resolver um quebra-cabeça, com a cidade preparada para explodir caso eles falhem. Embora Cubic tente dificultar as coisas para Kaito, para fazê-lo desistir dos quebra-cabeças, ele logo descobre que o fornecedor dos quebra-cabeças está falando sério sobre explodir a cidade. Faltando menos de dois minutos para o final, Kaito entra em seu estado Phi-Brain e resolve o quebra-cabeça com um segundo de sobra. Admirando sua habilidade, Cubic pede desculpas a Kaito e retira a pulseira.

Kaito recebe um Sage Puzzle para resolver no fim de semana, onde fará parceria com Ana Gram, uma entusiasta da arte que detém o título de 'Da Vinci'. Eles visitam a mansão de um artista falecido, cujo mordomo é revelado como um Doador do POG. Kaito e Ana estão presos em uma sala que se encherá de gás se não resolverem o quebra-cabeça. Presenteados com um quebra-cabeça contendo diversas pinturas famosas, Kaito e Ana trabalham juntos para resolver o quebra-cabeça, cujo tesouro é uma série de pinturas que o pintor dedicou à sua esposa. De volta à escola, Kaito e Nonoha ficam surpresos ao descobrir que Ana é um menino.

O POG convida Kaito, que está acompanhado de Nonoha e Gammon, para sua sede. Enquanto os três avançam pelo labirinto para encontrar o chefe do POG, Kaito percebe algo estranhamente familiar sobre os quebra-cabeças que eles precisam resolver. Isso vale especialmente para o quebra-cabeça final, que é semelhante ao quebra-cabeça que tirou a vida dos pais de Kaito. Enquanto Kaito fica furioso com a lembrança disso, Cubic ajuda Nonoka a tirá-lo dessa situação, chocando-o com seus biscoitos. Como isso faz com que Kaito desmaie, o misterioso chefe do POG cancela a reunião. Depois que Kaito se recupera, ele começa a ter problemas para resolver até mesmo um quebra-cabeça simples.

Kaito ainda está atormentado por suas memórias e incapaz de resolver quebra-cabeças. Cubic pesquisa a pulseira de Orfeu, teorizando que o colapso de Kaito foi resultado de seu poder cerebral ser completamente controlado pelas emoções. Ele aconselha Kaito a não resolver mais quebra-cabeças, pois outro colapso poderia colocar sua vida em perigo. Porém, por causa de uma promessa que fez quando era mais jovem, Kaito não consegue abandonar os quebra-cabeças e aceita outro pedido de quebra-cabeça do POG. Kaito logo se depara com um complexo quebra-cabeça Kenja com as vidas de Gammon e Nonoha em jogo. Conforme Kaito passa por outro colapso, ele se lembra de sua promessa e consegue recuperar suas habilidades de resolução de quebra-cabeças e resolvê-lo.

Enquanto Nonoha visita alguns alunos do jardim de infância, sua professora, Madoka, entrega uma carta a Kaito, que os outros suspeitam ser uma carta de amor. Suspeitando do conteúdo, Nonoha e Gammon seguem Kaito até o ponto de encontro, onde é revelado que Madoka é uma Doadora que segue os passos de sua falecida noiva. Kaito, Nonoha, Gammon e Madoka, junto com algumas crianças, ficam presos em um quebra-cabeça Kenja dentro de um prédio abandonado, o que não era o que Madoka esperava. Nonoha trabalha para acalmar as crianças enquanto Kaito resolve os quebra-cabeças. Quando o último quebra-cabeça é destruído devido à queda de destroços, a memória fotográfica de Nonoha permite que ela recrie o quebra-cabeça, permitindo que Kaito, Gammon e as crianças o resolvam, revelando uma estátua de Florence Nightingale que Nonoha doa para crianças pobres. Com isso, Nonoha acaba com o título de ‘Nightingale’, o que não a agrada exatamente.

Kaito é contatado pelo Genius Okudera, um homem que ele uma vez salvou de uma ruína, que o convida, Nonoha e Ana para um hotel resort com tema de quebra-cabeça em Hokkaido para resolver um suposto quebra-cabeça Kenja exibido como peça central. Depois de passar um dia de atividades, Kaito começa a resolver o quebra-cabeça no dia seguinte, desconfiando que não haja armadilhas envolvidas. Quando Kaito chega perto de resolver o quebra-cabeça, que ele deduz não ser um quebra-cabeça de Kenja, ele quase sucumbe à sabotagem, mas é salvo por Nonoha e Ana. Ao resolver o quebra-cabeça, eles descobrem que o tesouro é uma vista da natureza que ficou arruinada com a construção de um parque de diversões. Depois de pintar um retrato de como era originalmente a paisagem, Ana ajuda o dono do hotel a relembrar os momentos que passou com o avô que criou o quebra-cabeça, decidindo cancelar a construção e trabalhar na reconstrução da floresta.