Zoids Genesis

Um menino, Ruuji Familon, está ajudando seu pai a recuperar um Zoid do fundo de um lago quando sua aldeia é atacada por "Bio-Zoids" folheados a prata. Nenhum dos aldeões é capaz de pilotar o Zoid escavado, até que Ruuji acidentalmente cai na cabine e o ativa. Ele chama o Zoid de "Murasame Liger" e, com ele, consegue lutar contra os invasores.

Um Lance Stag e um Sword Wolf aparecem e ajudam Ruuji a derrotar os invasores Bio-Zoids e apagar o fogo na vila. Os pilotos dos Zoids se apresentam como Re Mii e Ra Kan e explicam que o alvo dos Bio-Zoids era o Gerador da vila. Quando os Bio-Zoids atacam novamente, Mii e Ra Kan ficam incapacitados, deixando Ruuji lutando sozinho.

Ruuji está prestes a ser esmagado, mas Murasame Liger se defende por conta própria. Encorajado, Ruuji revida e afasta os Bio-Zoids para sempre, mas, durante a batalha, o Gerador da vila é danificado e desliga. Ruuji, Mii e Ra Kan deixam a vila em busca de um mecânico que possa consertar o Gerador.

O grupo chega a uma cidade comercial. Enquanto Mii e Ra Kan vão explorar a área, Ruuji leva Murasame Liger sozinho para a cidade, na esperança de encontrar um mecânico do Gerador. Ele é convidado para almoçar por uma garota chamada Kotona, e enquanto ele está longe de seu Zoid, ele é roubado por uma gangue de ladrões. Kotona revela que ela sempre planejou usar o Liger como isca para poder pegar os ladrões. Eles usam o Zoid tipo pássaro de Kotona, Rainbow Jerk, para alcançar a gangue e recuperar Murasame Liger.

Enquanto Ruuji continua sua busca por um mecânico do Gerador, ele encontra Kotona novamente. O amigo de Kotona, Garaga, a tem assediado, então ela pede a Ruuji que finja ser seu noivo para desencorajá-lo. Garaga desafia Ruuji para uma batalha Zoid para conquistar o amor de Kotona. Ruuji luta contra Deadly Kong de Garaga, mas Ra Kan interrompe a batalha.

Garaga é revelado como o líder de uma força guerrilheira anti-Digald. Quando seus amigos são atacados por Digald Bio-Raptors, Garaga pede a ajuda de Ruuji e dos outros para defendê-los. O grupo expulsa os Bio-Zoids atacantes, mas Mii prevê que isso é apenas o começo.

Os Bio-Raptors montam outro ataque à base de Garaga. Os rebeldes planejam uma armadilha para derrotar as forças Digald, mas seu plano se volta contra eles. Kotona consegue evacuar os rebeldes, mas Ruuji e os outros estão cercados e presos dentro do esconderijo. Murasame Liger consegue derrubar a parede e o grupo foge para o vale.

O grupo parte para a vila de Sakusa em busca de um mecânico Zoid, amigo de Ron. No entanto, eles são forçados a voltar atrás depois que Rainbow Jerk fica sem Reggel. A cidade foi tomada pelas forças Digald, então Ruuji entra furtivamente e se encontra com Haara. Eles traçam um plano para tirar Reggel do Gerador sem que Digald os pegue. Garaga e Ra Kan distraem os guardas Bio-Raptor, e Ruuji recupera o Reggel, mas ele é avistado por Zairin, e o Mega-Raptor lidera um contra-ataque contra eles.